有關(guān)青蒿素的發(fā)明一直飽受爭議，2009年，屠呦呦發(fā)表了由她編著的《青蒿及青蒿素類藥物》后，同樣參加“523”項目，并在改造青蒿素分子結(jié)構(gòu)中作出關(guān)鍵貢獻的中科院上海藥物所研究員李英曾撰文稱：這本書是為了宣揚中國中醫(yī)研究院中藥研究所和屠呦呦的功勞而寫的，并不是為了全面介紹中國的青蒿素類藥物而寫的。“許多部分歪曲歷史、無視當今現(xiàn)實，嚴重誤導(dǎo)讀者，影響極壞。應(yīng)當給予揭露和澄清”。

李英在接受媒體采訪的時候也表示這一發(fā)明此前曾獲國家發(fā)明二等獎，并獲香港、泰國等獎項，“但都是頒給集體”。

“因為‘文革’，中國的所有文章（無論是論文還是報刊上的文章），除了毛澤東的出版物和馬列經(jīng)典外，有段時間幾乎都不標明作者，特別是個人作者，要么不標作者、要么用集體作者。為了平等而取消標明作者，帶來其后更多爭論，頗具諷刺意味。”饒毅告訴時代周報記者。

李英認為，屠呦呦用青蒿的乙醚中性提取物證明了青蒿的有效，是重要貢獻，但屠呦呦對其他發(fā)明環(huán)節(jié)很難出力。

李英接受采訪時表示：“屠呦呦的乙醚提取物有效確實再次激發(fā)了‘523’研究人員對青蒿的研究熱情。1973年，云南省藥物研究所和山東省寄生蟲病研究所利用當?shù)刂参镔Y源，也先后用溶劑汽油等其他有機溶劑從黃花蒿中分離出有效單體，一種白色的針狀結(jié)晶，以后正式命名為青蒿素。”

一個不爭的事實是，中醫(yī)研究院用屠呦呦提取的結(jié)晶做臨床實驗結(jié)果不夠理想并有毒副作用。而云南藥物所羅澤淵等人提供的結(jié)晶通過李國橋等人的臨床驗證，證明確實對惡性瘧尤其是腦型瘧有效。

那么，青蒿素到底是誰發(fā)現(xiàn)的？

有關(guān)這一點，李國橋說，據(jù)說后來變得私底下都說是自己提取出的結(jié)晶，但是提取出結(jié)晶不見得就是青蒿素。因為青蒿里面有7種結(jié)晶，只有一種是青蒿素，只有肯定了臨床效果的才是青蒿素。如果臨床上拿不出效果來，這種結(jié)晶就不是青蒿素，問題就出在這里。

不僅如此，李國橋在接受媒體采訪時表示，事實上云南方面并沒有采用屠呦呦的乙醚提取方式，他們只是受到北京中藥所的啟示。因此雙方的“提取的方法完全不一樣，各有各的方法，云南當時選用的是溶劑汽油等有機溶劑，使用以后就有粗結(jié)晶出來了”。

“屠呦呦創(chuàng)造了用乙醚來制取青蒿素的方法，這是最原創(chuàng)最重要的發(fā)現(xiàn)，后來對青蒿的研究貢獻也很多。諾貝爾獎勵的主要是原創(chuàng)的思路(低溫萃取)和思想的來源（葛洪《肘后備急方》），而非具體的產(chǎn)品。